Durante los primeros meses, Flysur volará con destino Barcelona una vez al día, mientras que conectará Córdoba con Vigo y Bilbao cuatro veces a la semana. Más adelante, a partir del 1 de enero de 2009, la frecuencia aumentará hasta los diez o 12 vuelos diarios. En referencia a la nueva aerolínea, el consejero delegado de Taer Andalus, Eduardo Gavilán, ha señalado que Flysur lleva vendidos cerca de 700 billetes desde el pasado 15 de agosto para los primeros vuelos que la compañía tiene previsto. En cuanto a las estimaciones de cara al futuro, una vez consolidada, la empresa prevé transportar una cifra aproximada de 115.000 pasajeros al año.
Además de transportar a los pasajeros a los diferentes aeropuertos que conectará, Flysur nace con el propósito de mostrar a los visitantes la región andaluza "para que se adentren en su cultura y sus costumbres", informan desde la compañía. Asimismo, con el fin de promover la utilización del aeropuerto de Córdoba, Flysur propone, a través de su web, la visita a cuatro ciudades españolas —Vigo, Zaragoza, Barcelona y Córdoba—mediante un acuerdo suscrito con varios turoperadores.
