Esta novedad viene determinada por la modificación del apartado ‘c’ del artículo 22 del Estatuto, que anteriormente establecía que la Comisión de Control "tendrá un secretario, que será a su vez el secretario del Consejo Rector". Mientras que ahora establece "un secretario elegido por el Consejo Rector", que asistirá a las reuniones "con voz, pero sin voto", según el artículo 21. Así, el Consejo Rector será el órgano de Gobierno y estará dirigido por el presidente de la Agencia, que será el director general de Aviación Civil. Por su parte, la Comisión de Control será la encargada de informar al Consejo sobre todos los aspectos relativos a la gestión económico-financiera.
La Agencia Estatal de Seguridad Aérea contará con un presupuesto para 2009 de 55 millones de euros, de los que 20 millones se obtendrán del cobro de tasas aeroportuarias, precios públicos y otros ingresos. Además, 35 millones más se recibirán con cargo a los Presupuestos Generales del Estado (PGE) para el próximo año, según ha anunciado la ministra de Fomento, Magdalena Álvarez.
