La segunda fase las obras del Palacio de Congresos de Córdoba incluye la modernización y rehabilitación de toda la zona alrededor del Patio Mudéjar. Estos trabajos consistirán en la sustitución de la cubierta, el refuerzo de los elementos estructurales, la renovación de todas las instalaciones y de los revestimientos y la adaptación de los distintos espacios al uso congresual actual. También se eliminarán las barreras arquitectónicas con la instalación de un nuevo ascensor y la incorporación de rampas que salven pequeños desniveles.
En cuanto al interés patrimonial del Palacio, se protegerán y pondrán en valor todos los elementos. En concreto, la restauración interior de la Capilla de San Sebastián y sus retablos y la conservación del claustro del Patio Mudéjar, la continuidad del Adarve con la nueva sala de Beatriz Enríquez y el espacio contiguo a los restos emergentes de la Muralla califal que va desde el Patio mudéjar hasta la portada donde se encuentran las puertas de emergencia hacia la parcela de la Biblioteca Provincial.
Con esta ampliación, el Palacio de Congresos ganará más de 1.000 plazas de capacidad. Una vez terminada la segunda fase, estas obras dotarán a este espacio de un aforo adicional de 500 plazas al aire libre en el Patio Mudéjar y 600 plazas en el resto de salas de reunión. Para la realización de estos trabajo se prevé un plazo de ejecución de año y medio.
