Baleària ha implantado un nuevo Sistema de Gestión del Medio Ambiente y ha renovado el de Gestión de la Calidad, siendo ambos avalados por la certificadora Bureau Veritas, bajo las normas ISO 14001:2004 e ISO 9001:2008, respectivamente. La nueva certificación reconoce la gestión ambiental de la naviera.
Con la incorporación de este nuevo sistema, Baleària impulsará mejoras en la optimización de recursos, en el control de consumos y en el reciclaje de residuos. Además, se ha ampliado el alcance del certificado de calidad, con la inclusión en el mismo de las embarcaciones Avemar Dos, Jaume I, Jaume II, Jaume III y Daniya. Como indican desde la naviera, la aplicación combinada de ambos sistemas de gestión implica el esfuerzo y dedicación de todo el personal y a la vez, permite analizar y planificar acciones preventivas que ayuden a mejorar el servicio.