En el caso de que finalmente el proyecto salga adelante, la aviación civil entrará a formar parte del sistema comunitario de comercio de emisiones de CO2 a partir de 2012. De este modo, se ha desestimado la propuesta de la Comisión Europea, que pedía la introducción escalonada a este sistema, adelantando el inicio al año 2011.
El límite de permisos de contaminación de las compañías aéreas se calculará mediante el promedio de emisiones entre 2004 y 2006. La mayoría de los derechos de emisión se repartirán entre las aerolíneas europeas, mientras que aquellas que sobrepasen el límite permitido deberán adquirir derechos suplementarios en el mercado a otras industrias.
Los únicos servicios que estarán exentos de participar en este sistema son, además de los aviones dedicados a la investigación, los vuelos dentro de regiones ultraperiféricas, como Canarias, que estén sometidos a obligaciones de servicio público.
