El organismo dependiente del Ministerio de Fomento basa sus alegaciones en el artículo 1.903 del Código Civil, que establece que la responsabilidad "cesará" cuando pueda "probar" que "empleó toda la diligencia" para prevenir el daño. AENA envió este escrito al Juzgado de Instrucción número 3 de Madrid después de que el pasado 22 de septiembre la juez incluyera al organismo dentro de la causa como posible responsable civil subsidiario. El organismo rechaza así que tenga que pagar los daños sufridos por los pasajeros, en caso de condena.
Por su parte, la acusación particular que ejerce la Agrupación de Afectados por el Cierre del Espacio Aéreo ha contestado al escrito rechazando su tesis y reclamando que se incluya como responsable para que haga frente a las indemnizaciones si los controladores no son capaces de pagar con su patrimonio. En este sentido, aseguran que el artículo 121, del Código Penal establece que las administraciones públicas "responden subsidiariamente de los daños causados por los penalmente responsables de los delitos" cometidos por la "autoridad, agentes y contratados de la misma o funcionarios públicos en el ejercicio de su cargo". Por su parte, la juez continúa tomando declaración tanto a los controladores como a los diferentes directivos de AENA que participaron en las negociaciones del convenio colectivo de los trabajadores de las torres de control.
