Además, la operación supone también una "amenaza para los intereses del aeropuerto de Barcelona", ya que Iberia, poseedora de un 45% de la participación de la aerolínea que resulte de la fusión, podría "tender a favorecer que los vuelos con mejores conexiones internacionales se hagan desde Madrid". Para UCAVE "ésta es la política seguida por Iberia en los últimos años". No obstante, Vueling y Clickair ya han manifestado su intención de mantener la sede de la fusionada en Barcelona, por ser ésta la sede habitual de las dos aerolíneas en la actualidad.
